Очередной приказ Персии: проникнуть в Академию Коа, чтобы выяснить, что ее связывает с террористическими актами, происходящими в разных концах света. Чтобы иметь возможность проникнуть в тайны элитной старшей школы, Ая становится учителем мировой истории, а два новых члена Вайсс - Сэна и Кё - надевают форму старшеклассников.

Новая подруга Сэны - Нодзоми - попадает в элитный класс "S" Академии Коа. Этот класс учится по совершенно особой программе, но учеба - далеко не единственное его отличие и тайна. Между тем Вайсс продолжают расследование и наблюдают за подозрительными личностями, участвующими в жизни школы: Тодо - лидером класса "S", Инагаки, директором Академии, мэром и его секретарем Симодзимой. А Сэна неожиданно сталкивается с новой загадкой - таинственными школьниками-бойцами из таинственного класса "G".

Сэна убежден, что смерть Нодзоми не была простым самоубийством; он жаждет мести, хочет найти виновника и наказать его. Сэна игнорирует слова Аи о том, что не в этом - их миссия, и тайком от других Вайсс пробирается в школу, чтобы провести собственное расследование. Ночью, в то время, когда Ая и Кё вдвоем проникают на базу таинственного класса "G" и оказываются в ловушке, подготовленной для них, Сэна сталкивается с Тодо и из его уст изнает имя человека, виноватого в гибели Нодзоми. 

Тодо, наконец, переходит к открытым действиям: при помощи студентов классов "S" и "G" он поднимает бунт и захватывает власть в Академии Коа. В такой обстановке нечего и думать о том, чтобы продолжать расследование, и Ая и Кё стараются держаться незаметно. Но Сэна вновь путает все планы: нарушив приказ, по которому должен был оставаться дома, он пробирается в школу, и Тодо тут же объявляет на него массовую охоту с целью выявить его сообщников. Чтобы помочь Сэне и защитить его от взбунтовавшихся школьников, Кё срывается с места на его поиски и тем самым обнаруживает себя.

Кё спасает Сэну и захватывает Кодаму Мисаку в заложники, чтобы с ее помощью найти Тодо. А Тодо в это время направляет рейд на "Дом, где живут котята", а сам, оставшись наедине с комьпьютером директора школы, пытается разобраться в секретах школы. Он узнает о существовании секретного класса "Z" и идет на их базу, укрытую на территории школы. Ученики этого таинственного класса обладают феноменальной силой: и Ая, столкнувшись с ними, быстро оказывается повержен.

Пока Ая и другие Вайсс работают в Академии Коа, Кэн и Ёдзи ведут тайное расследование в высших школах Европы. Ожесточенное сражение завязывается между Ёдзи и женщиной по имени Сиэл, его любовницей и директором школы, оказавшейся одной из Эсцет. В то же время Кэн проникает в самое сердце школы, к ее центральному компьютеру. И то, что он там обнаруживает - потрясает его...

Чтобы раскрыть тайну Эпитафии, Кэн и Ёдзи возвращаются в Японию. Ёдзи проникает в Академию Коа под видом учителя и сближается с учительницей Цудзи, чтобы собрать информацию со стороны преподавателей. А Кен одевает форму ученика, чтобы вести расследование со стороны учащихся. От учеников он узнает о таинственном месте на территории школы, где видели призраков. Так Вайсс находят вход на базу класса "Z".

Ёдзи сходится с Цудзи все ближе и ближе, несмотря на беспокойство Аи. Цудзи приглашает его в гости и они становятся любовниками. Но прошлое преследует Ёдзи неотступно, ему мерещется Аска, воспоминания о ней не покидают его сознания. В помутнении рассудка он едва не душит свою новую возлюбленную, а она в ответ предлагает ему вино "Забвение". В то же время Сэна, пытаясь проследить за Симодзимой, приходит на стадион в центре территории Академии Коа. Именно этого ждут Сагири и Суика, ученики класса "Z".

Рекс рассказывает Вайсс о прошлом Сэны и его связи с Академией Коа. В этой связи - реальная причина, которая толкает его действовать в одиночку, снова и снова нарушая прямые приказы Персии. В то же время Сагири и Суика, побежденные Аей, раненые, лежат в лаборатории. Они обречены умереть, потому что никто не собирается их лечить. В отчаянии Суика сбегает из лаборатории. Тяжело раненую девочку находит Асами. Чтобы помочь оказавшейся в беде ученице, она ищет Аю, но...

Цудзи заверяет, что ее интерес к Ёдзи - это стратегический ход ради достижения цели, который поможет расправиться с Вайсс. Эпитафия разрешает ей действовать на свое усмотрение, и в то же время присылает телепатов Розенкройц из Германии ей в помощь. Такатори Сайдзе велит Вайсс прекратить исследование, но Ая упорствует и продолжает работу. К нему присоединяется и Оми, выбравший жизнь Персией, но теперь на время вернувшийся в Вайсс - ради своей последней миссии. Сайдзе вызывает Крашерс, чтобы остановить Вайсс. Шварц прибывают сами. Таким образом, несколько команд должны встретиться для решительного боя в "Дворце Преисподней"!

Вайсс побеждают класс "Z" , чтобы войти в "Дворец преисподней" в Академии Коа. Но на самом пороге вдруг путь им преграждает... Ёдзи. Разбираться с ним остается Ая, а Кэн, Оми и Сэна бегут к центру "Дворца преисподней", чтобы раскрыть и уничтожить Эпитафию. Но Эпитафию защищают сильнейшие телепаты Розенкройц и,похоже, что у Вайсс нет шансов одержать победу...

Цудзи в последние мгновения завершает своё исследование, ее жуткий план становится очевидным. Не без неожиданной помощи Шварц, ввязавшихся в бой с Розенкройц, Вайсс пробираются в самый центр "Дворца преисподней", чтобы найти Эпитафию. И столкнуться с его странной... "личностью".

Идет время, и события последней миссии Вайсс растворяются в прошлом. Пути членов Вайсс неумолимо расходятся, каждый идет своей дорогой. Что их ждет в будущем?.. Есть ли у них вообще это будущее?..